金枪鱼肽从金枪鱼这种深海鱼类身上提取，属于动物肽，它与植物肽的明显的区别之一是它们提取的对象不同。另外，还有以下三方面不同：
1.在氨基酸组成与数量上存在差异
动物肽一般含有人体所需的8种氨基酸，与人类的营养结构比较吻合；这是植物肽所不能比拟的，原因是植物蛋白缺乏免疫球蛋白，谷物缺乏赖氨酸等，所以当它被分解为肽的时候也会缺乏对应的一些物质。
2.人体吸收方面的不同。动物肽含有人体必需而自己又无法合成的8种氨基酸及钙、镁、铁、铜、锶、锌等微量元素，能充分满足人体的不同需要。金枪鱼肽作为动物肽，它可以直接被人体吸收，不用消耗人体能量，这对于一些肠道消化不好，病后术后等人群来说是一种非常好的直接营养补充剂。这方面，植物肽也是无法达到的。
3.从优势方面来看，动物肽的靶向效应比植物肽要好，有研究表明，动物的不同器官所含的小分子活性肽的种类、数量是不同的，心脏所含有的活性肽主要对心脏产生作用，而肝脏所含的活性肽主要对肝脏产生作用。因此，金枪鱼肽作为动物肽，也具有这方面的优势。