胶原蛋白肽的来源常见有陆地动物和水中鱼类。不过随着肽应用的逐渐深入，深海鱼胶原蛋白肽更受欢迎。这是为何呢？
这是因为陆地动物，比如牛，担心它有疯牛病、口蹄疫和禽流感等高致病性传染病的风险，而鱼类分为人工养殖的淡水鱼和深海鱼。人工养殖的淡水鱼，它生活的环境比较容易受到人类活动的影响，受到污染的风险系数也更高。而深海鱼，比如金枪鱼，几乎不受到污染，因此提取出来的胶原蛋白更符合人们的需求，也就更受欢迎了。